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一颗时隔百万年重新路过的巨大彗星，让启元星发生了山崩地裂的大地震。深藏地底的远古生物和病毒强势入侵。百年之后，人类不得不放弃了过去生活的平原和丘陵，退守星球上的奇山险峰。人们依据这里的地利优势，抵抗远古生物和丧尸的入侵，并且在这些山颠重新建立了各具特色的新城市，当时称为天空之城。一对天才魔法师夫妇的神秘遇害，留下了一对年幼的遗孤和一艘残破不堪的空天飞船。看主角如何带着年幼的妹妹，一艘奇特的飞船，一位管家婆一样的舰娘，在这个神奇的世界里，不断破开重重迷雾，寻找父母死亡的真像，并一步步跟随线索找到传说中的浮空城市，刷破父亲的记录成为新的全球最年轻的全系大魔导师。