第一届雅典娜与哈迪斯惨烈的圣战已结束，只留下了一位黄金圣斗士作为第二届的教皇。但，243年后，邪恶卷土重来，天庭里邪恶的多位神祗也派出最强的手下参战，并且，在那时，随着宇宙天体的运动，一位神秘的家伙，将会随着宇宙天体的运行而出现在黄道中，给圣域带来不确定的因素；一直在黄道带没有被太阳照到的阴暗面的邪恶力量，也将会出现……如此多的邪恶降临，正义的使者，雅典娜的圣斗士，你们，准备好迎战了吗！？