洛伊德．赛雷斯塔，神秘组织「生命之树」的一名小杂兵。奉组织之命，洛伊德跟随队伍调查「伊甸（Eden）」──那是拥有神一般的力量，比恶梦更恐怖的存在。调查过程中，在组织一向遭人忽视，无望出人头地的洛伊德，意外结识了两个独特的女子。一女名叫奈亚，据称是被伊甸毁灭的阿卡维拉星系的唯一生还者。一女名叫娜伊娜，虽然是只小萝莉，却拥有徒手撕裂伊甸，可以用「做梦」来形容的超级力量。洛伊德与她们结识后，被组织授命跟随她们。从此，洛伊德的命运走上了无法掌控的窘境。一介小兵的他，不但必须面对轻易摧毁宇宙军团的伊甸、连伊甸也能徒手杀死的超级萝莉，以及满身谜团的美女舰长，接着更遭遇智慧生命的天敌，被称为「支配者」的宇宙怪兽……无穷宇宙，最深邃、最神秘的事物一件件出现在洛伊德面前。洛伊德脑袋里的螺丝还没拧紧，就随着越发失控的命运，咕噜咕噜地滚到了不知什么地方。